Zajišťujeme výkon státní správy v ochraně přírody a krajiny. Sledujeme stavy, změny a vývojové trendy vybraných biotopů a populací ohrožených druhů. Jmenujeme skupinu dobrovolných strážců přírody, vyhlašujeme přírodní rezervace a provádíme průzkumy přírody či odborný monitoring.

Kontrolujeme a posuzujeme hospodaření se státním majetkem i s finančními prostředky vybíranými na základě zákona. Nejvyšší kontrolní úřad má dále 9 územních odborů, které vykonávají kontrolní činnost v daném regionu.