Zajišťujeme výkon státní správy v ochraně přírody a krajiny. Sledujeme stavy, změny a vývojové trendy vybraných biotopů a populací ohrožených druhů. Jmenujeme skupinu dobrovolných strážců přírody, vyhlašujeme přírodní rezervace a provádíme průzkumy přírody či odborný monitoring.

Úřad vykonává správu daní, odvodů, záloh na tyto příjmy, spravuje dotace, ukládá pokuty, vybírá a vymáhá odvody, poplatky, úhrady, pokuty a penále.

Kontrolujeme a posuzujeme hospodaření se státním majetkem i s finančními prostředky vybíranými na základě zákona. Nejvyšší kontrolní úřad má dále 9 územních odborů, které vykonávají kontrolní činnost v daném regionu.