Ústav se věnuje výzkumu ovocných plodin, které se pěstují na území České republiky jako tržní kultury. Zaměřujeme se také na uchování genofondů ovocných plodin, studium vlivu podnoží na naštěpované odrůdy, vývoj metod biologické a integrované ochrany ovocných dřevin a projekty ovocných výsadeb.