Gastroenterologická ambulance zajišťuje diagnostiku, léčbu a dispenzarizaci onemocnění trávicí trubice, jater a slinivky břišní. Součástí diagnostické činnosti ambulance jsou endoskopická vyšetření jícnu, žaludku a dvanácterníku, tračníku, konečníku, žlučových cest a vývodu slinivky břišní.