Najdete u nás stále expozice Husité, Život ve středověku, Gotický sál či vyhlídková věž Kotnov. Nabízíme výstavy přírody Táborska, národopisu Blat a Kozácka. Dále pořádáme výstavy, přednášky i přírodovědné exkurze pro děti i dospělé.
Provozujeme městské muzeum. Prohlédnout si u nás můžete stálou expozici Rybářská tradice ve Vodňanech, která pojednává o rybníkářství, malířství, rybářském studiu a výzkumnictví. K vidění jsou preparáty ryb i rybářské náčiní. Pořádáme pravidelné výstavy prací fotografů a výtvarníků.
V muzeu je k vidění expozice dějin poštovnictví na našem území od r. 1526 do současnosti. Vystavuje se zde sbírka vozů, kočárů a saní z 19. století, historických poštovních stejnokrojů, schránek, výplatních a orážecích strojů.