Zajišťujeme správu toku. Sledujeme stav koryt a splavnost. Provozujeme a udržujeme vodní díla, vodohospodářské laboratoře. Spolupracujeme při zneškodňování havárií. Spravujeme vodní elektrárny. Zabýváme se geodetickou činností, rybářstvím, kvalitou vody.

Zabýváme se kontrolou krmiv, půdy a výživy rostlin či živočišné produkce. Disponujeme laboratořemi k provádění chemických analýz. Zaměřujeme se na kontroly ekologického zemědělství a vydáváme výjimky pro použití konvenčního osiva a sadby. Organizujeme semináře a vydáváme odborné publikace.

Zajišťujeme správu, provoz a údržbu vodních toků a vodohospodářských objektů a vodních děl v povodí řeky Moravy. Pracujeme na území o rozloze 21 133 km2.