Odbor životního prostředí a zemědělství realizuje výkon státní správy v přenesené působnosti na úsecích: ochrany ovzduší, ochrany přírody a krajiny, odpadové hospodářství, rostlinolékařská péče, vodní hospodářství, ochrana zemědělského půdního fondu, ochrana zvířat proti týrání a další.

Odbor vydává rozhodnutí o umístění staveb, územní souhlasy, souhlasy s ohlašovanými stavbami, stavební povolení, vede příslušná řízení, povoluje změny staveb a změny užívání staveb, dále povoluje užívání a odstraňování staveb.

Odbor zajišťuje správu daní a místních poplatků, vyměření, vybírání a vymáhání místních poplatků, povolování výherních hracích automatů, evidenci a nájemní vztahy vyplývající z užívání hrobových míst a účetní agendu všech odborů na úseku státní i komunální správy.

Zajišťuje výkon zřizovatelských funkcí mateřských škol, základních škol, organizačních složek Domu na půl cesty, Domova pro matky s dětmi, zabezpečuje v oblasti školství činnosti související s povinnostmi obce s rozšířenou působností pro správní úřad Městský úřad Český Krumlov a další.

Kraj pečuje o komplexní rozvoj území a o potřeby svých občanů, zejména o vytváření podmínek pro rozvoj sociální péče, o uspokojování potřeby ochrany a rozvoje zdravých životních podmínek, výchovy a vzdělávání, kultury a ochrany veřejného pořádku. Poskytování služeb CzechPointu.