Vědecká činnost institutu je zaměřena na sledování psychických a sociálních charakteristik dětí, dospívajících a jejich rodin. Institut se specializuje především na celoživotní vývoj dětí školního věku, dospívajících a mladých dospělých. Řeší chování, vztahy a komunikaci.

Seminář zajišťuje výuku v oblasti dějin umění. Výuka se specializuje na centrum raně středověkých studií, výzkumné středisko pro dějiny střední Evropy nebo umění a kulturu raného novověku na Moravě. Vydáváme časopis Semináře dějin umění. Spolupracujeme s galeriemi nebo muzei výtvarného umění.

Zajišťujeme odborné služby pro tvorbu a uplatňování státní vodohospodářské politiky zaměřené na hydrauliku, hydrologii, hydrogeologii. Zabýváme se podporou ochrany vod, protipovodňové prevence a hospodaření s odpady a obaly, výzkumem stavu, užívání a změn vodních ekosystémů a jejich vazeb v krajině.

Provozujeme ústav zaměřený na teorii a dějiny české literatury od nejstaršího období po současnost. Zajišťujeme základní výzkum české literatury v jazykovém i teritoriálním vymezení. Zaměřujeme se na literární historii, teorii literatury, výzkum literární kultury či na literárněvědnou lexikografii.

Oddělení zajišťuje výuku v oblasti matematické analýzy.

Účelem projektu je především zajištění provozuschopnosti České vědecké stanice J. G. Mendela v Antarktidě a souvisejících struktur umožňujících provádění národního antarktického výzkumu a vývoje.

Oddělení zajišťuje výuku v oblasti chemie se zaměřením na organickou chemii. Provádí výzkum zaměřený na způsoby syntézy, cyklizace reakce, reakční mechanismus nebo reaktivitu heterocyklických systémů.

Zaměřujeme na preklinický a klinický výzkum, zejména v oblastech kardiologie, neurologie a onkologie, s cílem zlepšit péči o pacienty.

Výzkum českých a československých dějin po roce 1938 v mezinárodním kontextu. Pořádání mezinárodních konferencí, specializovaných sympozií a workshopů. Vydávání časopisu Soudobé dějiny.

Zabýváme se výzkumem českého jazyka a jeho historie. Zaměřujeme se na oblast lingvistiky textu a rétoriky, řečové komunikace či řečového jednání. Vznikají zde pravidla pravopisu, slovníky, mluvnice, populárně-vědecká literatura i odborné publikace.

Specializujeme se na výzkum sociálních a kulturních jevů týkajících se národů a etnických skupin. V současnosti je Etnologický ústav tvořen třemi badatelskými odděleními (historická etnologie, etnická studia, etnomuzikologie) a oddělením vědeckých informací.

Provádíme výzkum v oblasti fyziologie a genetiky živočichů. Zaměřujeme se na studium unikátních vlastností domácích, divokých i laboratorních zvířat. Vedeme laboratoř vývojové biologie, biochemie a molekulární biologie zárodečných buněk, integrity DNA, embryologie živočichů, biologie nádorů a další.

Zabýváme se vědeckým výzkumem v oblasti analytické chemie, zejména výzkumem analytických a bioanalytických mikrometod, nanometod a metod pro stanovení stopových koncentrací látek a vývojem přístrojové techniky jako základem ke zvýšení poznání a metodologické úrovně dalších vědních disciplín.

Ústav je zaměřen zejména na dějiny v období od raného novověku do druhé světové války. Základní výzkum uskutečňuje v oboru českých, československých i obecných dějin a je součástí sítě domácích i zahraničních vědeckých, výzkumných a vysokoškolských institucí.