Ústav je zaměřen zejména na dějiny v období od raného novověku do druhé světové války. Základní výzkum uskutečňuje v oboru českých, československých i obecných dějin a je součástí sítě domácích i zahraničních vědeckých, výzkumných a vysokoškolských institucí.

Zabýváme se teoretickým a experimentálním výzkumem v oboru mechaniky tuhé fáze se zaměřením na stavební konstrukce. Orientujeme se zejména na dynamiku konstrukcí, stochastickou dynamiku, aerodynamiku, aeroelasticitu, nelineární mechaniku a mechaniku materiálů.

Ústav se věnuje výzkumu ovocných plodin, které se pěstují na území České republiky jako tržní kultury. Zaměřujeme se také na uchování genofondů ovocných plodin, studium vlivu podnoží na naštěpované odrůdy, vývoj metod biologické a integrované ochrany ovocných dřevin a projekty ovocných výsadeb.

Výzkum přípravy, vlastností a aplikací vybraných anorganických sloučenin.

Zabýváme se výzkumem a vývojem v oblasti přírodních a technických věd.

Provádíme výzkum v široké oblasti jaderné fyziky, jak experimentální tak teoretické. Zabýváme se také příbuznými vědními obory. Jsou studovány vybrané problémy teoretické subjaderné fyziky a matematické fyziky. Teorie jader je zaměřena na jadernou strukturu, hyperjádra a jiné.

Provádíme základní a aplikovaný výzkum v oblasti fotoniky, optoelektroniky a elektroniky. V těchto oblastech ÚFE rozšiřuje vědecké poznání a zabývá se vývojem nových špičkových technologií.

Zabýváme se vědeckým výzkumem fyziky plazmatu a jeho aplikacemi. Podílíme se na výzkumu a vývoji řízeného termojaderného slučování, využití elektrických výbojů, generátorů plazmatu, interakce plazmatu s jinými skupenstvími hmoty a likvidace odpadů v proudu plazmatu.

Provoz správního archivu.

Provádíme výzkum ve fyzice elementárních částic, kondenzovaných systémů, pevných látek, optiky a plazmatu. Výzkumné práce v oboru elementárních částic‭ ‬uskutečňujeme v rámci‭ ‬velkých mezinárodních kolaborací.‭ ‬Zabýváme se astročásticovou fyzikou. Věnujeme se interakci laserového záření s hmotou.

Zajišťujeme výzkum kybernetiky a informatiky. Provádíme základní a aplikovaný výzkum na poli informatiky, zpracování signálů a obrazu, rozpoznávání obrazu, teorie systémů a teorie řízení.

Předmětem hlavní činnosti Orientálního ústavu AV ČR je vědecký výzkum v oblasti orientalistiky. Zaměřujeme se zejména na dějiny národů Asie a Afriky, jakož i na jejich nábožensko-filozofické systémy, kulturu, jazyky a literaturu v období od starověku do současnosti.