Pracoviště bakteriologie provádí mikrobiologickou diagnostiku bakteriálních onemocnění a jejich komplikací. Součástí je laboratoř pro diagnostiku tuberkulózy a jiných mykobakterióz s celokrajskou působností a Antibiotické středisko, které průběžně sleduje rezistenci k antibiotikům.
Ambulance klinické hematologie se zaměřuje na diagnostiku a léčbu krevních chorob včetně onemocnění srážlivosti krve. Zajišťuje konziliární vyšetření pro nemocnici a zdravotnická zařízení v Jihočeském kraji. V odůvodněných případech přebírá pacienty do dlouhodobé péče.
Neonatologické oddělení zajišťuje vysoce specializovanou péči o novorozence. Plní tak funkci neonatologické části perinatologického centra intenzívní péče ve smyslu platné koncepce oboru neonatologie.
Geriatrické centrum poskytuje sociální a zdravotní služby seniorům v rozsahu: 100 zdravotních lůžek následné péče, 20 sociálních lůžek, 30 lůžek domova se zvláštním režimem. Provozuje geriatrickou a interní ambulanci.