Muzeum spravuje rozsáhlé sbírky archeologické, historické, umělecké, geologické, zoologické, entomologické a botanické. Součástí muzea je odborná knihovna a muzejní kavárna. Od listopadu 2021 je otevřena expozice Naši Němci, která představuje dějiny německy mluvícího obyvatelstva na našem území.