Provoz muzea se stálou expozicí pojednávající o období od mladší doby kamenné až po raný středověk.

Regionální muzeum, jehož zřizovatelem je Jihočeský kraj. Světovým unikátem muzea jsou Krýzovy jesličky, největší lidový mechanický betlém na světě, který je od roku 1998 zapsán v Guinnessově knize rekordů. K dalším neméně zajímavým expozicím patří síň Emy Destinnové či Bitva nad Jindřichohradeckém.

Provozujeme kostel sv. Jana Křtitele a minoritský klášter. Gotický kostel je jednou ze starých památek města, byl budován od 3. čtvrtiny 13. století. Pořádáme zde výstavy a koncerty. Konají se zde i svatby. V přilehlé budově je konferenční sál využívaný pro přednášky, který si lze pronajmout.

Kostel sv. Jana Křtitele patří mezi velmi tajemná místa v Čechách. Bizarní nástěnné malby ze 14. st. , kombinace lidských a zvířecích těl, připomínající spíše chiméry z Bestiáře než zobrazení svatých. Najdeme zde i nahou ženu s prsy na zádech, démonické skřety a další. Jedná se o světový unikát.