Provozujeme centrum pro demyelinizační onemocnění. Zajišťujeme specifickou léčbu pacientů s roztroušenou sklerózou, poskytuje poradenskou a konziliární činnost v oblasti demyelinizačních a autoimunitních onemocnění CNS.
Pracoviště virologie poskytuje diagnostiku chorob způsobených viry, chlamydiemi a mykoplasmaty. Nabízí komplexní diagnostiku hepatitid, herpetických infekcí a dalších virových nákaz, základní diagnostiku HIV, virových neuroinfekcí a respiračních virových infekcí.
Provozujeme chirurgické oddělení. Zajišťujeme péči o pacienty s chirurgickými onemocněními. Provádíme běžné chirurgické zákroky, ultrazvuková vyšetření či intervenční zákroky pod echografickou kontrolou. Oddělení plní také vzdělávací funkci při přípravě lékařů k atestacím.
Laboratoř molekulární biologie a genetiky se zabývá specializovanou diagnostikou na úrovni nukleových kyselin a cytogenetickou analýzou. Jedná se o multioborovou laboratoř, která provádí analýzu vzorků pro většinu pracovišť nemocnice i pro spádovou oblast Jihočeského kraje.
Geriatrické centrum poskytuje sociální a zdravotní služby seniorům v rozsahu: 100 zdravotních lůžek následné péče, 20 sociálních lůžek, 30 lůžek domova se zvláštním režimem. Provozuje geriatrickou a interní ambulanci.